Nyerere kwa mara nyingi katika historia ya Zanzibar amekuwa akijaribu kuwaamulia Wazanzibari nini la kufanya kama vile wao wenyewe hawajajiweza.
Kwa ujanja na ulaghai wake aliweza kufanikiwa kutia fitina baina ya Wazanzibari wenyewe kwa wenyewe kama vile Mwingereza alivyofanya siku za nyuma. Wakati wa mwanzoni watu wengi hawakuelewa nini azma ya Nyerere, na kumdhani kama ni mtu mwema, lakini hatimae ilidhihirika kwamba alikuwa akitaka kuitawala Zanzibar. Kwa upande mmoja, kati ya baadhi ya njama zake, baada ya kuundwa Muungano, alisaidia na kuhakikisha kwamba wale Wazanzibari waliyokuwa wamesoma walihamishwa Zanzibar. Kwa njia kama hiyo sehemu kubwa ya uongozi uliyobaki Zanzibar ulikuwa ni wa wale wasiosoma, ambao aliweza kuwaendesha na kuwadanganya kama alivyotaka.
Kwa upande wa pili, ingawa suala la usalama lilikuwa chini ya Muungano na Nyerere ndiye aliyekuwa mkuu wa Muungano, ili kuhifadhi maisha ya Muungano huo alikataa kuhami maisha ya viongozi wa Kizanzibari waliyouwawa kwa sababu ya kuwa na fikra tofauti za kisiasa. Kwaupande wa tatu Nyerere aliwatumilia wale waliyoitwa Wabunge wa Zanzibar, Bungeni Dar es salaam, kuwazuwia Wabunge 98 wa Tanganyika kumshambulia Nyerere na serikali yake. Wabunge hao wa Zanzibar waliogopa kuwasaidia Wabunge wa Tanganyika kwa vile waliporudi Zanzibar walim'haha Karume ambaye asingelisita kuwapeleka chuoni kwa Mandera, kwenda kudurusu. Kwa njia hii Nyerere aliweza kudhibiti utawala wa Tanganyika na wa Zanzibar kwa wakati mmoja.
Ingawaje, kulifika wakati fulani ambapo, maingiliano baina ya Karume na Nyerere hayakuwa mazuri na Karume alifanya njama na mbinu za kum adhiri Nyerere kila alipopata nafasi. Katika mwaka wa 1971 Karume alifanya mbinu i li ahakikishe kwamba, ikiwa kwa sababu yoyote Nyerere atasita kuwa Rais, basi yeye Karume ndiye ahakikishiwe Urais wa Tanzania. Mipango hiyo aliwahi kuipendekeza hata mbele ya mkutano wa Baraza la Mawaziri. Nyerere akamshitukiya Karume, na akamsail Karume mbele ya mawaziri, na kumuuliza kama Karume alitarajia kuchukuwa Urais akifa Nyerere.
Kama kawaida ya mgogoro kama huo, Jumbe aliingilia kati na kumhakikishia Nyerere kwamba" Karume hakuwa na azma mbaya na yeye, bali Karume alieleweka vibaya". Nyerere bila ya kufikiri na kutanabahi sana, kwa haraka haraka, kama desturi yake akatunga sheria mpya ya Tanzania Bara, na kuipa serikali uwezo wa kuwa na Waziri Mkuu, ili kama yeye Nyerere kwa sababu hii au ile angelikutwa na ajali ya kifo cha ghafla, basi Waziri Mkuu huyo ndiye aliyekuwa achukuwe ukanda wa Urais wa Muungano na sio Makamu wa Kwanza wa Rais, yaani Karume .
Uamuzi huu ulimkasirisha sana Karume kwa vile aliona kwamba uwezekano wake wa kuwa Rais, pindi Nyerere akifa ulififirishwa na kuondoshwa, na kwambaWaziri Mkuu huyo atakuwa wa Zanzibar vile vile. Ingawaje, Karume hakukubali kushindwa, kwani alidai kwamba kitendo hicho cha Nyerere cha kujiamuliya hivyo ilikuwa ni, kuiruka na kuikuuka Katiba ya Muungano na kujiamulia kuteuwa na kuanzisha Wadhifa wa Waziri Mkuu kulikuwani kinyume na Katiba ya Tanzania. Kwa hivyo Karume akaamuwa kumpeleka Nyerere Mahkamani kwa kuikiuka Katiba. (Tutakumbuka baadae 99 hata Jumbe nae alitaka kumpeleka Nyerere katika Mahkama kwa kukiuka makubaliano ya maandhishi ya Muungano.)
Karume tokea mwaka 1970 alikuwa ameanza kampenikali sana ya kwenda sehemu mbali mbali kama vile Kariakoo na kwenda kuwahutubiamakabwela na kutia fitna dhidi ya Nyerere na kuwaahidi makabwera kazi na nyumbabure Zanzibar kama Nyerere angelishindwa kuwapatia vitu hivyo Bara. Karume vile vile alikuwa akitowa mapesa kuwapa vilabu vya mipira vya Bara ili kuwavutia na siasa yake,wakati huo huo Wazanzibari wakikaa na njaa.
Karume alijaribu kuwashawishi wanajeshiwa Kizanzibari waliyokuwa Bara, kumpelekea khabari za kijasusi dhidi ya utawala wa Nyerere.Isitoshe katika sherehe za miaka kumi ya uhuru wa Tanganyika, Karume alipelekaDar es salaam majeshi ya Zanzibar na silaha kubwa kubwa, ikiwemo mizinga tofauti.Majeshi hayo yanasemekana yalikuwa yajiandae sehemu mbili tofauti za Uwanja wa Taifaambako sherehe hizo zilikuwa zifanyike. Uwanja huo uliwekwa katikati na makomborana mafashi fashi yalikuwa yakutanie katika ya anga ya Uwanja huo. Makombora hayoyalikuwa yatupwe kutoka hizo sehemu mbili tofauti, moja sehemu ya Mgulani na nyenginesehemu za Mjini. Hapo watu wangelikuwa wakishughulika na kutizama mafashi fashi angani,na wale askari wa jeshi la Zanzibar waliyoshiriki katika paredi hiyo wangelimtwangarisasi Nyerere na Karume angelishika ukanda kufuatia kifo cha Nyerere. Kiongozi mmojawa jeshi la Zanzibar aliyekuwa aongoze majambo hayo, bahati mbaya amekwishakufa,nae alikuwa Col. Mussa Maisara, lakini wakuu wengine wengi wa kitendo hicho badowahai.
Kwa bahati wanajeshi wa Bara walishituka, kutokana na hemkahemka na kwasababu ya idadi ya askari wa kushiriki katika sherehe hizo kutoka Zanzibar iliwashitua Jeshi la Bara na vile vile kushitushwa na wingi wa silaha hasa zikiwa silaha kubwa kubwa.Vile vile kile kitendo cha wanajeshi wa Zanzibar waliyo omba kutumia nafasi ya zilesehemu zilizokuwa na ulinzi mkali ili kutekelezea matayarisho ya tafrija zao, zilitia wasiwasi. Baada ya kuchekechwa kwa makini Wanajeshi wa Bara wakanusia harufu ya hatarina kwa hivyo hizo sherehe zikaaghirishwa na Nyerere kujificha. Baada ya tukio hilo Col. Ali Mahfoudh akarejeshwa Zanzibar. Karume hakumuwahi Nyerere bali akawahiwa yeye.
Baada ya kuuwawa kwa Karume, Nyerere akaanza kutamba. Katika maziko yaKarume, Nyerere akatokwa na machozi ya mamba, huku akichekelea ndani kwa ndani nakuukaribisha wakati mpya. Ingawa wakati Karume alipokuwa hai Nyerere alidai kwamba Wazanzibari walivyokuwa wakiteswa na kuuliwa yeye hakuwa na uwezo wa kuingiliakati mambo ya ndani ya serikali ya Zanzibar, lakini mara tu baada ya kuuwawa Karume, Nyerere mwenyewe hakusita kuchukuwa fursa ya kuwatiya ndani maelfu ya Wazanzibariwaliyokuwa Tanganyika. Wengi ya Wazanzibari hao hawakuwa hata wanasiasa, wanginewalikamatwa kwa kusingiziwa ati wamesherehekea kifo cha Karume kwa kupika pilau yakuku, huko Bara; au mtu mmoja, Mzee Salim, alitiwa ndani kutoka kijiji cha Ujamaa, atikwa sababu aliweka dhamiri kwamba, ikiwa Karume atak- ufa basi atakula ugari chini,mchanga ukiwa sahani yake, na mtu huyo akatiwa ndani atikwa sababu alionekana akilahuo ugari chini.
Ingawaje kutiwa ndani kwa watu wengine baada ya kufa Karume kulikuwana madhumuni maalum ya kuunufaisha utawala wa Nyerere. Shabaha moja muhimu yakwa nini mfano Babu alitiwa ndani, ilikuwa na madhumuni maalum kama yale ya 1964ya kumuondosha Babu, Hanga n.k. wasije kuchafuwa mambo ya Muungano, kwani kwamujib wa ngazi za utawala wa Zanzibar Kinara alikuwa Karume, chini yake akawa Hangana baada ya Hanga alikuwa Babu.
Kwa hivyo maadhali Hanga, kwa wakati huo alikuwaamekwisha uwawa, kwa hivyo kufuatilia kifo cha Karume aliyekuwa ashike ukanda wamadaraka ya Utawala wa Zanzibar alikuwa awe Babu (tazama orodha ya Baraza la - Mapinduzi,1964) na sio Jumbe ambae alikuwa kiongozi wa tano katika orodha hiyo. Muungano uliundwa kuizuwiya Zanzibar isifuate mwenendo wa kimaendeleo ambao hatimae ungeli-101wafanya Watanganyika kudai maendeleo kama hayo na hatimae kumuondosha Nyerere. Babu na Umma Party, pamoja na mamilitanti wa ASP walionekana kama ni watu waliyoitakia Zanzibar msimamo madhubuti, uliyokuwa huru na wakimaendeleo, na kuwa dhidiya azma na njama za Muungano wa Nyerere.
Kwa hivyo kuuwawa kwa viongozi tofautiZanzibar na kutiwa ndani kwa Babu kufuatia kifo cha Karume kulikuwa na madhumuniyale yale kama ya kuunda Muungano, yaani kuimarisha Muungano usiyoamuliwa na watu. Babu na Umma Party kwa jumla waliwekwa ndani kwa miaka sita, bila ya kufunguliwakesi yoyote huko Tanganyika ya wale aliyokuwa wametiwa ndani Tanganyika, na walewaliyokuwa gerezani Zanzibar kuteswa kikatili, wengine kuuwawa na halafu kufanyiwakesi isiyokuwa na Mahakimu wa Kitaalam, wasiopendelea upande wowote, wala kuwa nauwezo wa kupata mawakili wakuwatetea ambao waliwachaguwa na kuwataka wenyewe.
Kama Nyerere angelikuwa ametaka kesi halali ifanyike, asingelishindwa kufanya hivyo,kwani kwa wakati huo ule aliyekuwa akimuogopa alikuwa hayuko tena na alikuwa nanguvu za kutoshaza kuweza kufanya atakacho Zanzibar, kama tulivyoona baadae, alivyowasambaza kina Seif Bakari. Nyerere aliogopa kesi kufanyika Tanganyika kwa sababualiogopa ufichuliwaji wa mizoga aliyoificha katika makasha na makabati yake na kuogopa, kama Babu angelimuacha nje Wazanzibari wangelimtaka awaongoze.
