Wakati vita baridi vinaendelea, wakati huo ndio Shirika la Ujasusi la Marekani lilipodai kuwa Qian na wanasayansi wengine, Frank Malina na wengine wa Kikomunisti ni tishio kwa usalama wa taifa la Marekani.
Makosa aliofunguliwa Qian ni pamoja na kuonesha kuwa alihudhuria mkutano ulioshukiwa ulikuwa wa chama cha China cha Kikomunisti ingawa alikanusha madai hayo na kusema yeye sio mwanachama,
Hata hivyo, utafiti mpya ulionesha kwamba alijiunga na chama hicho wakati mmoja na Frank Malina mwaka 1938.