Kwa watu wengi wasio na taarifa za kutosha, Nyerere anaonekana kuwa mtetezi wa wazi wa mfumo wa utawala usioegemea dini yoyote ndani ya chama tawala na serikali. Hata hivyo, mikutano yake ya siri na viongozi wa Kanisa inaonyesha hali iliyo kinyume kabisa na mtazamo huo.
Katika mazungumzo yake ya siri ya tarehe 2 Agosti 1970 na Mchungaji Robert Rweyemamu, aliyekuwa Katibu Mkuu wa Baraza la Maaskofu Katoliki Tanzania (TEC), ambalo ni chombo cha Kanisa Katoliki, dhehebu kubwa zaidi la Kikristo, Nyerere amenukuliwa katika kitabu Development and Religion in Tanzania, kilichoandikwa na J. P. van Bergen, akisema kwamba alikuwa ameanzisha idara ya elimu ya siasa ndani ya TANU. Alisema kwamba alimchagua kwa makusudi mhudumu wa Kikristo kuiongoza idara hiyo, si kwa sababu alikuwa mwanasiasa mwenye ushawishi mkubwa, bali kwa sababu ya imani yake ya Kikatoliki.
Kitabu hiki, kilichochapishwa na Kanisa Katoliki, kilieleza kwamba sababu hiyo ndiyo iliyomfanya Mchungaji Mushendwa, ambaye alikuwa na imani thabiti na imara ya Kikristo, kuwekwa kuwa msimamizi wa Idara ya Elimu ya Siasa na Maendeleo ya TANU.
Nyerere aliendeleza hali ya tofauti za kielimu zilizokuwa zimeachwa na Waingereza, ambazo ziliwaweka Waislamu katika hali ya kutokuwa na fursa sawa za elimu. Alikuwa akifahamu malalamiko ya Waislamu kuhusu suala la elimu. Katika kitabu chake Freedom and Unity (Uhuru na Umoja), aliandika kwamba tofauti katika viwango vya elimu zingeweza kutumiwa kama suala la kisiasa:
“Uadui ambao unaweza kuchochewa na watu wenye nia mbaya kati ya Waislamu na Wakristo, kama tunavyojua sote, unatokana na ukweli kwamba serikali ya kikoloni haikujishughulisha sana na elimu. Kwa hiyo, wengi wa wale waliofanikiwa kupata elimu waliipata kupitia shule za misheni, na hivyo wengi wao ni Wakristo. Hapa tena, tunakabiliwa na mgawanyiko ambao, kwa kuwepo kwake tu, unaleta tishio la kisiasa kwa umoja.” (uk. 179).