Sababu kubwa ni msimamo wa utawala wa kiislam wa Iran, chini ya Ayatollah dhidi ya Israel.
Huko siku za nyuma, chini ya utawala wa kifalme wa Iran, Israel ilikuwa na uhusiano mzuri na Iran. Hata wakati wa vita kati ya Iran na Iraq, Israel ilikuwa ikiisaidia Iran.
Mwaka 1979, waislam wenye msimamo mkali nchini Iran, waliipindua Serikali ya wakati huo, na kuifanya Iran itawaliwe kwa sheria za dini. Ayatollah akatangaza kuwa kwa maagizo ya mtume kupitia quran, wazayuni wanatakiwa kuangamizwa, hawastahili kuwepo Duniani, na Iran ina wajibu wa kuwaangamiza wazayuni (Waisrael), isipokuwa wale watakaoslim. Maelfu ya wayahudi waliokuwepo Iran, waliamua kukimbilia Marekani. Kutokana na tangazo hilo la Serikali ya Ayatollah, chochote inachokifanya Iran katika kupata silaha za maangamizi, Israel inachukulia kuwa ni maandalizi ya Iran kuiangamiza Israel.
Umoja wa mataifa, kwa kuzingatia wasiwasi wa Israel, ikaitaka Iran isimiliki silaha za maangamizi, na Iran ikatamka kuwa mradi wake wa nuclear haulengi kutengeneza silaha bali ni kwa matumizi ya kiraia. Lakini wataalam wa masuala ya nuclear, kwa uchunguzi wao wakasema maelezo ya Iran yalikuwa ya uwongo, na wakaitaka Iran ikubali miradi yake ya kurutubisha uranium iwe inakaguliwa na wataalam wa nuclear energy ili kujiridhisha kuwa Iran haitengenezi silaha za nuclear. Lakini miaka ya karibuni, Iran imekiuka makubaliano ya Umoja wa mataifa, na kuwazuia wachunguzi wa tume ya nuclear energy kukagua miradi yake.
Hivyo kuzuiwa kwa Iran kumiliki silaha za nuclear kunatokana na tabia mbaya iliyooneshwa na Iran ya uhasama dhidi ya Israel na Serikali zote za kiarabu zinazoongozwa na wasuni, ambako kwenye mataifa hayo, Iran imekwa ikipandikiza makundi ya kigaidi ili kuzidhoofisha serikali za mataifa hayo.
Kuna wakati Rais Bush aliwahi kuulizwa kwa nini Iran izuiwe kumiliki silaha za nuclear wakati kuna mataifa yanamiliki silaha hizo? Bush alimjibu yule mwanahabari: Hivi ukiona mtu mwenye akili timamu ameshika kisu, huwa unakuwa na wasiwasi wowote? Na vipi ukimwona kichaa ameshika kisu?